Русское село Алексеевка было основано в XVII веке на правом берегу Волги. Село было владельческим, земли и крестьяне до XIX века принадлежали помещикам Голицыным и Карачинским, после чего перешли к графинеИ. И. Воронцовой-Дашковой. Первая деревянная православная церковь с колокольней и престолом во имя преподобного Сергия Радонежского была построена в Алексеевке тщанием прихожан в 1788 году.

С 1848 года землевладельцем в Алексеевке являлся граф Иван Илларионович Воронцов-Дашков, при котором была построена усадьба и заложен парк. В1870 году Церковь была перестроена, в штате её причта состояли священник, дьякон и псаломщик. В 1894 году в храме проводился новый ремонт. В том же году, 3 июля, Алексеевку посетил пастырь-протоиерей Иоанн Сергиев, ныне канонизированный в лике святых праведных как Иоанн Кронштадтский, отслуживший в Сергиевской церкви утреню и литургию.

В 1914 году на средства купца из Николаевска (Пугачёва) С. И. Горкина был заменён церковный колокол. В 1930 году Сергиевская церковь была закрыта. Лишившееся колоколов здание планировалось реорганизовать под клубмастерам-судоремонтникам. Попечитель церкви, священник и двое прихожан были арестованы по обвинению в антисоветской агитации. Семью годами позже по той же статье были репрессированы ещё одна прихожанка храма и псаломщик К. Н. Просвирин, расстрелянный в 1938 году в Вольске. 16 марта1931 года здание было передано под детский сад, а впоследствии Храм, в честь прп. Сергия Радонежского, в котором служил святой праведный Иоанн Кронштадтский, был разрушен в годы богоборческого лихолетия. Клирики и прихожане храма также пострадали от рук безбожных властей.

С лета 1892 по 1893 года служил в храме села Алексеевка псаломщиком выпускник Саратовской православной духовной семинарии Владимир Тимофеевич Пиксанов. Назначение его в этот храм последовало «с обязательством помогать приходскому священнику в собеседованиях с раскольниками».Одновременно он учительствовал в школе грамоты села Алексеевка. Уже в сане священника, служа в Воскресенском храме села Павловка Хвалынского уезда, отец Владимир стал, вероятно, первомучеником из числа клириков Саратовской епархии, пострадавших богоборцев. Он был расстрелян на площади возле сельского храма красногвардейцами 3 апреля 1918 года.

Священник Амплий Дубровин (+1943) был переведен в 1907 году священномучеником Гермогеном, епископом Саратовским и Царицынским, в Сергиевскую церковь села Алексеевка. Тогда же в селе Алексеевка был учрежден особый миссионерский пункт, церковь стала именоваться миссионерской.

В феврале 1930 года «за антисоветскую агитацию» были арестованы священник церкви села Алексеевка Амплий Дмитриевич Дубровин, попечитель церкви Фрол Никитич Банатов и двое прихожан: Федор Иванович Мясников и Михаил Яковлевич Филиппов. 22 февраля тройкой ПП ОГПУ по Нижневолжскому краю первые трое были осуждены на 5 лет лишения свободы, а Филиппов – на три года.

Последняя волна гонений накрыла Алексеевку уже в ежовское время – 17 декабря 1937 года Хвалынским РО НКВД были арестованы псаломщик Сергиевского храма клирик Климентий Николаевич Просвирин и одна из прихожанок, Марина Пахомовна Поварова-Михеева. Арестованы они были за «антисоветскую агитацию», дополнительные статьи обвинения звучали следующим образом: Поварова-Михеева –«религиозные убеждения и организация культовых обрядов в с. Алексеевка», Просвирин- «проведение культов и обрядов среди верующих». В январе 1938 года они были осуждены – чтец Климент к высшей мере наказания (он был казнен в Вольске 20 января 1938 года), раба Божия Мария – к 8 годам лишения свободы. В 1989 году все шесть Алексеевских страдальцев были реабилитированы.

Хотя св. прав. Иоанн Кронштадтский посетил Саратов всего единожды, многое связывало его с саратовцами. Преосвященнейший Гермоген (Долганов), епископ Саратовский и Царицынский (1903-1912) неоднократно встречался с Иоанном Кронштадтским, посещал его во время болезни. Святым была предсказана мученическая кончина Преосвященнейшего Гермогена: в 1918г. епископ был арестован в Тобольске и вместе с другими священослужителями утоплен в реке Туре. Почитателями святого прав.Иоанна Кронштадтского были и мотрополит Вениамин (Федченков), возглавлявший Саратовско-Балашовскую кафедру в 1955-1958 гг. и архиепископ Саратовский и Вольский Пимен (Хмелевской)

В честь великого русского пастыря святого праведного Иоанна Кронштадтского в поселке Алексеевка Хвалынского района построен новый храм и монастырский комплекс, который с февраля 2008 года являлся Подворьем свято-Алексиевского женского монастыря г. Саратова. 27 декабря 2008 года Преосвященнейший Лонгин, Епископ Саратовский и Вольский, совершил чин Великого освящения храма Подворья.

В своей проповеди после освящения храма Епископ Лонгин сказал: «После долгих лет на этом месте вновь зажглась лампада богослужебной жизни и иноческого делания. В этом замечательном, одном из красивейших храмов нашей епархии сегодня мы с вами молились о тех, кто строил его, кто вкладывал в это богоугодное дело свои силы и средства; молились о том, чтобы Господь утвердил храм сей до скончания века». В благородном деле возрождения храма весомую помощь оказал ктитор монастыря, уроженец п. Алексеевка, Вячеслав Викторович Володин, первый заместитель руководителя администрации президента.

Владыка выразил надежду, что молитвенным предстательством святого праведного Иоанна Кронштадтского Подворье станет настоящим домом Божиим, светом окружающему миру, что Господь не оставит Своей милостью всех, кто молится здесь, кто несет свое монашеское и пастырское служение.

14 июня 2013 года, в день памяти святого праведного Иоанна Кронштадтского, согласно постановлению Священного Синода Русской Православной Церкви от 12 марта 2013 года Подворье преобразовано в Иоанновский женский монастырь. На литургии состоялось возведение в сан игумении настоятельницы монастыря монахини Еликониды(Лысенко), а также иноческие постриги послушницы Елены с наречением имени Ангелина, послушницы Надежды с наречением имени Иоанна, послушницы Галины с наречением имени Сергия. По окончании литургии Его Высокопреосвященство вручил настоятельнице новой обители игуменский жезл.

Владыка тепло приветствовал прибывших на торжество игумений других женских обителей России и стран Ближнего зарубежья. Гостями торжеств стали настоятельница Николаевского Черноостровского монастыря в Малоярославце игумения Николая (Ильина), настоятельница Свято-Алексиевского женского монастыря г. Саратова игумения Феодосия (Бессонова), настоятельница Казанского Девичьего монастыря г. Калуги игумения Анастасия (Мордмиллович), настоятельница Воскресенского женского монастыря г. Бричаны (Молдавия) игумения Даниила (Мереуцэ), настоятельница Свято-Никольского женского монастыря пос. Монастырский Пугачевского района игумения Севастиана (Власова), вице-президент «Медиасоюза», член Общественной палаты РФ Елена Зелинская, глава Хвалынского района Ирина Кузьмичева, глава администрации района Сергей Вербин.

По окончании Божественной литургии состоялся праздничный Крестный ход вокруг храма, после которого Владыка Лонгин обратился к молящимся с архипастырским словом. Он поздравил всех насельниц и прихожан монастыря с престольным праздником — днем памяти святого праведного Иоанна Кронштадтского, особо подчеркнув, что отец Иоанн являл собой пример истинного служителя алтаря Господня. Владыка напомнил, что святой основал большое количество женских монастырей, многие из которых теперь находятся далеко за пределами России. Его Высокопреосвященство выразил твердую веру в то, что праведный Иоанн продолжает свое попечение о женском монашестве и доныне.

Митрополит отметил, что столь важное историческое событие, как появление нового самостоятельного монастыря действительно очень радостно для всех жителей Саратовской земли, потому что именно монашество издревле способствует подлинному евангельскому жительству. И чем больше в Церкви настоящих монастырей и настоящих монахов, то есть тех, кто подлинно подвизаются, тем больше людей имеют возможность увидеть, что такое жизнь во Христе. А значит Церковь в той невидимой брани, которую ведет всю свою историю против духов злобы поднебесных, становится сильнее.

В завершение Митрополит призвал жителей Алексеевки и всей области почаще посещать обитель, чтобы иметь возможность прикоснуться к той благодати, которая пребывает здесь, — среди людей, посвятивших себя Богу.